10 декабря 1982 года отряд батальона быстрого реагирования Атлакатль, выдрессированный американскими советчиками, зашёл в деревню, собрал всех жителей и велел не покидать свои дома. 11 декабря жителей собрали снова и разделили на две группы: мужчины - налево, женщины - направо. Мужчин и подростков расстреливали небольшими группами с 8 утра до полудня. Закончив с ними, Атлакатль выбрал всех молодых женщин и девочек от 9 лет, которых после массового изнасилования также расстреляли. После этого совсем уж малолетних детей заперли в церкви, а оставшихся женщин отвели на окраину села на расстрел. Дети и младенцы были расстреляны уже ночью, непосредственно в сельской церкви. За одну ночь хорошо обученный отряд ликвидировал более 800 человек, среди которых было 420 детей.
Та же участь постигла несколько соседних деревень (Ранчерия, Лос Терилос, Серо Пандо и Хокоте Амарийо), однако мир вначале узнал о страшной судьбе Эль Мозоте - спасибо радио "Венсеремос". Через "Венсеремос" новости попали в США, где сотрудники "Нью-Йорк Таймс" и "Вашингтон Пост" мухой полетели в Сальвадор. Спустя несколько дней пруфы резни были уже на первых страницах. Разумеется, власти США и Сальвадора всё отрицали. Тела эксгумировали только в 1992-м году, когда было подписано мирное соглашение, ознаменовывавшее конец 13-летней гражданской войны.
СССР, который очень любил передавать разным партизанам коммунистические автоматы, тушёнку и пару Т-34, эту войну прослоупочил и сальвадорским геррийерос не помог. Во всяком случае, сами партизаны ни о какой помощи со стороны СССР не слышали.